Para compilar bien la bibliografía, te recomiendo que la edites en un archivo .BIB por separado, hay varios manejadores de bases de datos para ello, e.g. kBib en Linux.
En tu editor de LaTeX sue uses, en Linux recomiendo Kile o TexMaker; y en Mac definitivamente TexShop primero compila con tu documento .Tex, ojo: con la opción LATEX, luego compila desde ahí mismo tu bibliografía con la opción BIBTEX que veras en las opciones de complicación; finalmente, vuelve a compilar con LATEX el documento principal. Eso es todo.
Si se diera el caso de aún no ver enlazadas las referencias bibliográficas, simplemente vuelve a compilar con el tercer paso dos o tres veces más, eso es todo.
Acerca de las figuras.
Una opción es declarar la variable "graphicspath", como te la pase en la plantilla, y a continuación solo tienes que llamar las figuras con solamente el nombre, sin el path.
Como segunda opción, es meter las figuras con el path. Recuerda que en LaTeX se recomienda hacer una carpeta o directorio por documento que crees, salvo que hagas varias versiones del mismo, como suele pasar con una tesis o artículo. Entonces, veamos que en cada carpeta de articulo declaras la carpeta "Figures", luego pues cada figura la metes así:
\begin{figure} % Esta es la fig 1
\centering
\includegraphics[scale=0.5]{Figures/FIGURA1_REVISTA}
\caption{Flow diagram for training stage}
\label{fig:Flow-diagram_entrenamiento}
\end{figure}
Ojo: recuerda que en LaTeX se respeta el UpperCase y LowerCase.
Finalmente, para crear figuras.
Lo que más me ha funcionado es OpenOffice o LibreOffice, en su programa o modulo DRAW.
Ahí puedes hacer figuras como quieras, a tu antojo. Todas las figuras y diagramas de mi tesis y papers ahí los hago.
Una vez que los terminas, solo marcas con el ratón la figura o diagrama que creaste, y en menú ARCHIVO das opción EXPORTAR y pinchas en "selección", y escoges la opción EPS, que es el formato vectorizado nativo de PostScript que mejor se lleva con LaTeX.
Saludos y espero que te sea de utilidad.
