miércoles, marzo 18, 2009

Tutorial simple de Graphviz: Graficando árboles (Programción Genética) con Graphviz en Linux Mandriva

Para los que constantemente estamos elaborando árboles, ya sabemos lo engorroso que puede ser hacerlos "a mano".

Una herramienta muy buena para hacer los árboles y otros dibujos es OpenOffice DRAW, con la opción maravillosa que tiene de marcar solo parte de nuestros dibujos, y solo esa parte marcada, exportarla a múltiples formatos (como EPS, PNG, GIF, JPG, etc.). Pero cuando tenemos muchos árboles, e.g. en Programación Genética, se antoja pensar en una aplicación que pueda hacerlo de forma automática, por medio de un codigo.

Pues teniendo lo anterior en mente halle, gracias a un artículo en LinuxJournal, la herramienta GRAPHVIZ, que hace lo que tanto buscaba, y de forma muy fácil.

Para instalarlo, en Linux Mandriva desde terminal como SUDO ejecutar:

$ urpmi graphviz

En otras distribuciones de Linux, abran su administrador de paquetes y búsquenlo. También desde la página de Graphviz pueden bajarlo e instalarlo.
Aquí les comparto un par de ejemplos del tipo de árboles que me interesaba hacer.
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Paso 1. Con un editor de texto generar un archivo con el codigo, e.g. este:

graph G {
node [shape=circle];
node0 [ label ="*"];
node1 [ label ="x"];

node2 [ label ="y"];


"node0" -- "node1";
"node0" -- "node2";
}


y guardenlo como arbol_01.dot

Observar:
i) Se declara el tipo de figura para los nodos.
ii) Se listan el número de nodos a usar, con la respectiva etiqueta para cada nodo con sus respectivas comillas.
iii) En la segunda parte del código, entre comillado se listan las relaciones, de qué nodo a qué nodo hay una conexión.
--- Así de simple ---

Paso 2. Abran una terminal y vayan donde tienen guardado el archivo antes generado. En la terminal ejecuten:

$ dot -Tps -o arbol_01.eps arbol_01.dot

De esta forma ordenan la creación del árbol en el archivo arbol_01.eps a partir del script en el archivo arbol_01.dot

Paso 3. Validen el árbol creado abriendo el archivo EPS recién creado.
(esta que pongo aquí esta en formato GIF para ejemplificar, pero como saben, el formato EPS es vectorizado, dando todas las ventajas de cambiar tamaños en las publicaciones sin pérdida de resolución)









Graphviz tiene muchas opciones, segun puede verse en su página y en el artículo del LinuxJournal, incluso permite la inclusión de etiquetas con LaTex, pero de momento esto que estoy usando se los comparto, ya si ustedes checan más opciones les agradezco me las hagan saber para enriquecer este sencillo tutorial.
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Ojalá les sea de utilidad.

Saludos a todos los amigos del Laboratorio de Evovisión en el CICESE-Ensenada, B.C. México.

;-)

Enlaces (URLs):

http://www.graphviz.org/
http://www.linuxjournal.com/article/7275
http://www.openoffice.org/

martes, marzo 10, 2009

La experienia religiosa en el cerebro humano

Algunas veces pensamos o creemos que las personas que tienen una experiencia religiosa profunda notable a los ojos de los demas son "especiales", y muchas veces he escuchado en boca de varias personas que consideran que incluso ese tipo de personas son distintas en su "cerebro", como si fuera algo fuera de lo ordinario. Desde mi punto de vista esto nada tiene que ver, muchas veces lo he dicho así, he convivido de cerca con diversas personas que llevan una espiritualidad muy vivida, de mucha praxis, y no solamente católicos cristianos, sino de otras denominaciones y religiones.

Lo anterior lo saco a colación porque el día de hoy salio publicada una nota en el New York Times explicando, según unas ultimas investigaciones, que la experiencia religiosa en el cerebro humano no esta alojada en una parte específica del mismo, sino que ocupa los mismos tejidos neuronales de otras actividades, aqui la liga:

http://www.nytimes.com/2009/03/10/science/10brain.html

Quizas lo que este descubrimiento científico cambie la opinión que exprese de algunas personas al respecto de la religión, para mi me hace ver que no estaba tan errado, pero para eso es la ciencia, para poner en la mesa, de forma clara y precisa, las condiciones en que se dan fenómenos, sucesos, en diversos ámbitos del genero humano y el alcance del mismo.

Mi conclusión es que la experiencia religiosa, mística, no esta condicionada a una edad o condición biológica evidente del cerebro humano, y que sigue estándo más allá de un molde que se le quiera poner para pesarla, medirla, calcularla o estimarla, de forma precisa y comparativa.

Cierro esta nota recordando la frase de San Felipe Neri (el santo de la alegría): "Sean buenos, si pueden. Traten de ser buenos".

sábado, marzo 07, 2009

Conexion Linux Mandriva con Blackberry via USB con Barry

Como dice el título, trataré de explicar cómo pude conectarme a Internet usando mi Blackberry (conexión BAM-Iusacell) via USB con Linux Mandriva.

  • Sistema operativo: Linux Mandriva 2008one Spring.
  • Smartphone: RIM Blackberry Curve 8330 (proveedor Iusacell en México).
  • En la BlackBerry proceder a desactivar el modo de almacenamiento masivo del USB (opciones --> tarjeta multimedia --> usb-storage: OFF)
  • Instalar desde el administrador de paquetes: Barry (y todas sus dependencias).

Barry es una aplicación que nos permite usar nuestra Blackberry (BB) en Linux, que además de sincronizar los datos, nos permite cargar via USB la BB ya que modifica la alimentación del canal USB en donde detecta la BB dándole más potencia. En el enlace del fabricante se puede ver más bondades de esta aplicación. Para instalarlo en su distribución de Mandriva sólo asegurense tener activados los repos backports.

Paso 1.
Valida la instalación de tu BB una vez hecha la instalación de Barry con el comando en terminal:

$ btool

Les pondrá en pantalla el Device ID y el PIN de su equipo.

Paso 2.
Tras la instalación de Barry se hallarán en el sistema también los paquetes de scripts de la conexión, estos son para proveedores de los EEUU y Canada:

* O2 Ireland
* Rogers
* Sprint
* T-Mobile US
* Verizon

Probando las configuraciones, la que funcionó para IUSACELL BAM fue la "Verizon", solo haciendo unas pequeñas modificaciones.

Editen como SUDO o ROOT los archivos siguientes con estas modificaciones:

vi /etc/ppp/peers/barry-verizon

bajar hasta el final del archivo y modificar a fin de que sea este el contenido:

pty "/usr/sbin/pppob -l /tmp/pppob.log -v"


Luego editar: /etc/ppp/chat-barry-verizon
comenten la primer línea a fín que quede asi el contenido:

SAY "Inicializando\n"
'' ATZ
OK-AT-OK ATDT#777
CONNECT \d\c


Luego de esto, como SUDO ejecutar:

# pppd call barry-verizon

y ¡listo!

Se conectarán a la red con su Blackberry Curve via USB con la buena velocidad de IUSACELL BAM.

Paso 3.
Como adicional, pueden crear un icono en su escritorio muy fácil. Abran su editor de texto preferido y copien el siguiente contenido:

[Desktop Entry]
Comment=
Comment[es]=
Encoding=UTF-8
Exec[$e]=sudo pppd call barry-verizon
GenericName=
GenericName[es]=
Icon=kppp
MimeType=
Name=BAM-usb
Name[es]=BAM-usb
Path[$e]=
StartupNotify=true
Terminal=true
TerminalOptions=
Type=Application
X-DCOP-ServiceType=
X-KDE-SubstituteUID=false
X-KDE-Username=


y guardenlo con el nombre siguiente en el ESCRITORIO: BAM-usb.desktop

La orden se ejecutará como SUDO, asi que les pedirá su password respectivo.

Para terminar la conexión, solo cierren la terminal generada y eso todo.

+ + +

Nota: Aún no sé por qué, pero el proceso a veces no conecta en el primer intento. Vuelvan a intentar, desconectando el cable USB de la BB y volviendo a conectarlo, y verán que sí se conecta, quedando estable la conexión.

+ + +
Esto puede llevarse sin problema al sabor (distribución) de Linux que tengan.

Ojalá les sea de ayuda y espero sus comentarios.

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Enlaces externos de consulta:

Iusacell BAM: http://www.iusacell.com.mx/BAM/
Net Direct - Barry: http://www.netdirect.ca/software/packages/barry/
Linux Mandriva: http://www.mandriva.com/es
PoderPDA: http://www.poderpda.com/

jueves, marzo 05, 2009

Corazon de plomo

Aquí recordando cosas bonitas de la infancia, y pues esta canción para mi es de las que más bellos recuerdos me trae.

Corazón de Plomo
Cantada por el grupo de niños españoles Parchis.

Paco es un soldado de plomo
que siempre me cuenta que no sabe nadar

y a ver como le explico que no es fácil
pues siendo de plomo no puede flotar.

El me dice que hay que enseñarle
que puede aprenderlo como cualquier chaval
y a ver como le explico que no es fácil
pues siendo de plomo no puede flotar.

Corazón, corazón de plomo
como quieres aprender a nadar
si lo tuyo es caminar el suelo
vaya sueño de nadar sobre el mar.

Corazón, corazón de plomo
como quieres aprender a nadar
si lo intentas sin saber lo que haces
hay que pena ver que vas a naufragar.

Paco mi soldado de plomo hace tiempo que no me habla solo sueña con el mar
y tiene la mirada distraída de la gente que parece que esta apunto de llorar.

El repite que hay que enseñarle
que puede aprenderlo como cualquier chaval
y a ver como le explico que no es fácil
pues siendo de plomo no puede flotar.

Corazón corazón de plomo
como quieres aprender a nadar
si lo tuyo es caminar el suelo
vaya sueño de nadar sobre el mar.

Corazón corazón de plomo
como quieres aprender a nadar
si lo intentas sin saber lo que haces
hay que pena ver que vas a naufragar.

Uoh uoh uoh uoh uoh uoh
uoh uoh uoh uoh uoh uoh
corazón, corazón de plomo
hay que pena ver que vas a naufragar.

Corazón, corazón de plomo
como quieres aprender a nadar
si lo tuyo es caminar en suelo
vaya sueño de nadar sobre el mar.

Corazón, corazón de plomo
como quieres aprender a nadar.